Sekolah Kebangsaan Kota dahulunya dikenali dengan nama Sekolah Melayu Kota.  Tapak asalnya di atas tanah Lot No 1934 Mukim Pintu Geng kepunyaan Tok Penggawa Che Mat Ali bin Haji Othman iaitu pengasas sekolah ini.  Beliau ialah orang yang pertama bergelar Penggawa bagi Daerah Kota.  Sekolah ini mula dibuka pada Tahun 1914 dengan bilangan murid seramai 64 orang.  Bangunan asalnya didirikan secara bergotong royong oleh penduduk-penduduk Kampong Kota.

Pada tahun 1921 sekolah ini telah dipindahkan ke tapak baru,  tanah Lot No 2069 Mukim Pintu Geng, kepunyaan Penghulu Taib bin Abdul Kadir kerana tapak lama itu rendah dan terdedah kepada panas matahari.  Bangunan ini juga didirikan secara bergotong royong oleh penduduk-penduduk kampong juga.  Pada tahun 1931 sekali lagi berpindah ke Kampong Wakaf Haji Abdullah kerana kawasan itu lebih strategi mengikut perkembangan kampong dan sesuai dengan nama Sekolah Kota, kerana tanah tapaknya itu berada di dalam Mukim Kota dan kepunyaan kerajaan.  Kemudian tanah tapak sekolah itu dipindah milik kepada Allahyarham Abdullah bin Noh, bekas Pegawai Kastam sekarang.

Dalam tahun 1936 Sekolah Kebangsaan Kota dipindah pula ke tapak sekarang kerana keluasan tanahnya lebih luas dan sesuai.  Perpindahan terakhir ini dilakukan oleh pihak kerajaan.  Semenjak itu sekolah ini terus berkembang maju.    Sekolah Kebangsaan Kota lah yang pertama dalam negeri Kelantan yang memulakan pengajian Darjah VII, iaitu pada tahun 1952.

Tahun 1953 ditambah dengan satu lagi bangunan tambahan yang mengandungi 12 bilik darjah.  Pada tahun 1984 kerajaan telah mendirikan sebuah lagi bangunan tambahan iaitu sebuah bangunan batu setinggi tiga tingkat yang serba lengkap.

Guru yang mula-mula mengajar di sekolah ini semenjak ditubuhkan pada tahun 1914 ialah:-

1.                  Allahyarham Cikgu Che Harun b Mahmud

Berasal dari Kampong Masjid Kota, Kota Bharu.

            2.                  Allahyarham Che Bongsu b Haji Mohd To’

berasal dari Kampong Tok Semian, Kota Bharu.

SENARAI NAMA GURU BESAR

SEKOLAH KEBANGSAAN KOTA

BIL.                            NAMA GURU BESAR                         TARIKH

1                      En Harun b Mahmud                              1914

2                      En Busu b To’                       

3                      En Ibrahim b Ahmad 

4                      En Abd Kadir b Md Ali         

5                      En Abdullah b Hj Ismail

6                      En Nik Mat b Hj Wan Hassan

7                      En Wan Abdullah b Muda

8                      En Wan Ibrahim b  Mustapha

9                      En Salleh b Bulat

10                    En Hassan b Hj Idris

11                    En Ramli b Muhammad

12                    En Omar b Awang

13                    En Ismail b Sulaiman

14                    En Amir b Ahmad

15                    En Mohamed b Salleh                                       Oktober 1964

16                    Tuan Hj Shafei b Saleh                                13.03.82 – 01.03.84

17                    Tuan Hj Omar b Ismail                                01.03.84 – 31.12.85

18                    Tuan Hj Yusoff b Hj Ismail                          01.01.86 – 15.11.92

19                    En  Ashari b Yaakob                                    16.11.92 – 15.08.93

20                    Tuan Hj Mohd Rais b Hussain                    16.08.93 – 31.12.93

21                    Tuan Hj Yusoff b Hj Ismail                          01.04.94 – 04.01.95

22                    En Wan Rosli b Wan Ariffin                        16.03.95 – 24.02.00

23                    Tuan Hj Mohamad Ghazali b Hj Seman     25.02.00 -  20.05.07

24                    Tuan Hj Mohd Nawawi b Min          16.06.07 hingga sekarang